Най-честият проблем при автоматичното поливане е преполиването. Ако системата подава вода по график, без да отчита дали почвата вече е влажна, корените могат да останат постоянно във влажна среда. Това затруднява достъпа им до кислород и създава условия за загниване. Резултатът често е пожълтяване на листата, увяхване и постепенно загиване на растението, въпреки че то получава достатъчно вода.
Рискът е още по-голям при саксии без добър дренаж. Ако излишната вода няма къде да се оттече, тя се натрупва около корените. Проблем може да възникне и когато капкообразувателят подава различно количество вода от очакваното или се запуши. Затова автоматичната система не бива да се оставя без проверка за дълги периоди, особено преди първото по-сериозно отсъствие.